Практическая биоинформатика

Информация о курсе

Занятия идут по средам в 18.15 в ИППИ РАН.

Все материалы и задания выкладываются на сайт С.А.Спирина
Практическая биоинформатика, 2016.

Программа

Лекция 1
Банки данных, формат Fasta
Видео, часть 1
Видео, часть 2

Лекция 2
Поиск в банках данных
Видео, часть 1
Видео, часть 2
Видео, часть 3
Видео, часть 4
Видео, часть 5
Видео, часть 6
Видео, часть 7
Видео, часть 8

Лекция 3
Работа c EMBOSS
Видео, часть 1
Видео, часть 2
Видео, часть 3

Лекция 4
Выравнивание. Работа с Jalview
Видео, часть 1
Видео, часть 2
Видео, часть 3

Лекция 5
Поиск по сходству. Программа BLAST
Видео, часть 1
Видео, часть 2
Видео, часть 3

Лекция 6
Реконструкция филогении
Видео, часть 1
Видео, часть 2
Видео, часть 3
Видео, часть 4

Лекция 7
Паттерны и профили

Лекция 8
БД семейств доменов: Pfam, Interpro

Лекция 9
Поиск мотивов

Критерии получения зачета:
Вариант 1.
К 10 декабря прислать протоколы выполнения всех заданий вместе с сопровождающими файлами.
Вариант 2.
Провести компьютерное исследование на основе публично доступных данных, описать его в стиле, близком к принятому в научных статьях, и прислать к 10 декабря вместе с сопровождающими материалами.
Исследование должно продемонстрировать владение следующими методами:
поиск по аннотации в банках данных; поиск по сходству в банках последовательностей (или геномах или протеомах); создание множественного выравнивания биологических последовательностей и его исследование в Jalview или другом редакторе выравниваний; филогенетический анализ набора гомологичных последовательностей; работа с EMBOSS; (желательно) работа с банками семейств белков (например, Pfam, PROSITE и/или InterPro).

Экзамен:
Контрольная

Преподаватель

Сергей Александрович Спирин
sas@belozersky.msu.ru

Большой Каретный переулок, 19, ИППИ РАН,
м. Цветной Бульвар

hello@bioinfschool.ru

Реквизиты

Некоммерческое партнерство содействия развитию биоинформатики «Биоинформатический семинар»
Адрес: 119269 г.Москва ул.Вавилова д.60/1 офис 19
ИНН \ КПП 7716450074 \ 773601001
ОГРН 1117799008030
ОКПО \ ОКАТО 91570039 \ 45293558000
Банк: ОАО «Сбербанк России» г. Москва
Расчетный счет 40703810938110001685
БИК 044525225
Кор. счет 30101810400000000225